Trávící soustava ptáků začíná zobákem ohraničenou ústní dutinou. Jak jsme se již dříve zmínili, čelisti jsou bezzubé a podle tvaru zobáku lze poznat způsob výživy jednotlivých ptačích rodů. Rohovité okraje zobáku jsou někdy velmi ostré, nebo mají pilovitý tvar pro snadnější zachycení potravy.

Ptáci nemají měkké patro, bývá rohovité, zejména u ptáků živících se semeny. Dutinu ústní spojuje s dutinou nosní štěrbina vnitřních nozder v patře ve tvaru trojúhelníka (choan). Za ní je na patře další štěrbina, do níž ze středního ucha ústí Eustachova trubice, která zde slouží k vyrovnávání tlaku a jejíž stěny jsou pokryty lymfatickými buňkami, které vytváří mízní uzliny (mandle).

Do dutiny ústní vede několik párových slinných žláz, zvlhčujících potravu. U vodních ptáků jsou tyto žlázy nevyvinuté, na rozdíl od ptáků, kteří pomocí slinného sekretu lepí svá hnízda (např. vlaštovky, rorýsy atd.).

V dutině ústní se dále nachází nepříliš svalnatý jazyk, který v pohybu podporuje jazylka. Součástí jazyka je rozsáhlá síť nervových zakončení, která nejen řídí pohyby jazyka, ale jsou zde i smyslové vjemy, zejména chuťové či hmatové buňky.

Hltan (pharynx) je poměrně krátký a přechází do jícnu (oesophagus), který má větší průměr než u savců a v části krku probíhá vpravo, a který je před vstupem do dutiny hrudní rozšířen ve vakovité vole (ingluvies), sloužící jako zásobárna potravy a k jejímu změkčení. V době rozmnožování se ve voleti některých druhů ptáků (holubi, plameňáci) tvoří pomocí hormonu prolaktin sýrovitá látka, která je složením podobná mléku savců, a kterou pak holubi krmí svá mláďata.

Dále následuje žaludek rozdělený na dvě části. V první tenkostěnné části žaludku je potrava intenzivně chemicky zpracována. Tato část se nazývá žaludek žláznatý (proventriculus), který se vyvinul jako samostatný oddíl jícnu. Druhá silnostěnná

část doslova nahrazuje ptákům zuby a slouží pro mechanické zpracování natrávené potravy. Silné svaly drtí potravu jako mlýnek, tlak svalů je tak silný, že ptáci rozdrtí v žaludku i velmi tvrdé části, např. skleněné kuličky, nebo spolknuté hřebíky stočí do klubíčka. Ptáci zde mívají i drobné kaménky a zrnka písku, která pomáhají potravu drtit.

V této části žaludku se také oddělují, zejména u masožravých ptáků, nestravitelné zbytky potravy (krunýře kosti, chlupy), které jsou pak vyvrženy ve válcovitých útvarech. Tato druhá část se nazývá žaludek svalnatý (ventriculus) a vývojově odpovídá žaludku plazů i savců. Vnitřek žaludku je zejména u zrnožravých ptáků pokryt velmi tvrdou slupkou, která je tvořena chemickou sloučeninou bílkovin a cukrů (koilin). Tato výstelka žaludku se periodicky obměňuje.

Vodní ptáci mají ještě patrnou třetí žaludeční komoru ve vrátníkové oblasti (pylorus), která slouží jako síto.

Naopak jen nepatrnou vychlípeninu místo žaludku mají ptáci živící se převážně nektarovými šťávami, které odtékají přímo do dvanáctníku (duodenum)

Holubi, papoušci a pštrosi nemají žlučník, na rozdíl od ostatních ptáků.

Slinivka břišní (pancreas) a velká dvoulaločná játra (hepar) ústí do krátkého nerozlišeného střeva (ileum), ve kterém probíhají vlastní trávící procesy. Před konečníkem mají ptáci vychlípená dvě slepá střeva (caeca), zajišťující potřebnou bakteriální mikroflóru a produkci některých vitamínů. Slepá střeva mají samostatné svěrače, vyprazdňují se méně často a výměšek je téměř černý.

Trávící trubice je zakončena kloakou, která je rozdělena do tří částí, které jsou odděleny okružními řasami.

První část (coprodaeum) má vakovitý tvar a zde se usazují výkaly. Do druhé prostřední části (urodaeum) vedou párové močovody (ureter) a vývody pohlavních žláz. Poslední část (proctodaeum) je uzavřena okružním řitním svalem a kloaka je ukončena uzavíratelným svěračem (anus). V kloace se z výkalů ještě odčerpá voda a některé minerální látky. Výkaly vychází z kloaky společně s močí.