Kůže ptáků je velmi tenká a suchá a má zpravidla jedinou žlázu, kterou je žláza kostrční. Mazové a potní žlázy chybí. Kostrční žláza je tvořena dvěma laloky ve společném obalu. Odděleny jsou přepážkou a každý lalok má svůj vývod, opatřený štětečkem z jemných per. Z tohoto štětečku zobákem ptáci nabírají výměšek, složením podobný vosku, nebo mastné kyselině a natírají si s ním peří.

Na křídlech a běhácích je kůže pevně přirostlá k vazivu a tkáním a ne těle je naopak poměrně volně pohyblivá.

Pokožka (epidermis) má více vrstev. Nejvrchnější část je rohovitá, silná, postupně se odlupuje a je tvořena odumřelými buňkami. Další tři vrstvy pod ní jsou tvořeny živými buňkami. Tím se pokožka zespodu stále obnovuje.

Pod pokožkou je tenká, třívrstvá škára (dermis), vyživovaná krevními vlásečnicemi a obsahující smyslové buňky. Ve škáře jsou také drobné kožní hladké svaly, umožňující pohyb jednotlivých per.

Podkoží (subcutis) obsahuje svaly příčně pruhované pro posun pásů porostlých peřím, cévy a tukové buňky, které slouží jako tepelná izolace a zásobárna energie.

Pernice a nažiny

Na první pohled není patrné, že kůže na těle ptáků není zcela pokryta peřím, ale tyto rostou jen v určitých pruzích – pernicích (pterylae). Neopeřené plochy nazýváme nažiny (apteriae). 

Mezi ptáky vodními a suchozemskými je značný rozdíl v poměru pernic a nažin na kůži. Zatímco u vodních ptáků je plocha nažin zanedbatelná, u suchozemských ptáků zaujímají nažiny více jak polovinu celkové plochy kůže. Tyto neopeřené plochy usnadňují pohyb končetin a řízení teploty. V době hnízdění se na břiše ptáků vytvářejí tzv. hnízdní nažiny, holými plochami se výrazně zlepšuje zahřívání vajec při inkubaci. Peří buď působením hormonů samovolně vypadává, nebo si ho někteří ptáci sami vyškubávají. Holá místa na kůži také definují pohlavní rozdíly. Jsou to různé hřebeny, bradavice, nebo laloky, často protkané krevními vlásečnicemi, které při vzrušení způsobují změnu zabarvení.  

Z kůže se rovněž vyvinul rohovinový, velmi tvrdý pokryv horní a dolní čelisti zobáku, který nahrazuje chrup i pysky.

Peří

Mláďata ptáků se líhnou s prachovým porostem (neoptile), který se s postupným dospíváním mění v konečné prachové a obrysové peří.

Pera dospělých ptáků (teleoptile) určují základní tvar těla a jeho typické zbarvení. Pera pokrývající hlavu, krk, tělo a nohy jsou pera obrysová (pennae). Většinu těla pokrývají drobnější pera, dlouhá a pevná pera s nesouměrným praporem, letky, jsou na křídlech a funkci chybějícího ocasu nahrazují prodloužená, vějířovitě rostoucí pera rýdovací.

Podobně jako šupiny plazů, také pera se tvoří z kožní rohoviny. V době vývoje pera vstupuje přes malou prohlubeninu (spodní pupek) na dolním konci papila zásobovaná krví. Konečné pero je pak již mrtvým útvarem. 

Základní osu pera tvoří tuhý stvol (scapus), který je upevněn v pérovém váčku (folliculus) spodní dutou částí, která se nazývá brk (calamus). Horní delší část stvolu je plná a nazývá se osten (rhachis). Osten na sobě nese prapor (vexillum), který je velmi celistvým a pružným útvarem. Od ostnu na obě strany odstupují postranní větve, které jsou mezi sebou propojeny paprsky, směřujícími dolů k brku, obloučkovitě zahnuté a v odstupech se zesílenými kolénky a dále paprsky směřující ke špici pera, opatřené v horní polovině záchytnými háčky (hamuli). Nejvíce paprsků mají letky, které jsou při letu nejvíce namáhané.

Těžko bychom hledali konkurenci ve zbarvení ptačích per. 

Zbarvení vzniká třemi způsoby: 

  1. ukládáním barevných pigmentů do pera během vývoje
  2. lomem a odrazem světla morfologickými strukturami pera
  3. ukládáním barevných pigmentů na povrch již zrohovatělého pera

Základním barvivem je melanin, který se vytváří v buňkách melanoblastech a během embryonálního vývoje se z nervové trubice šíří do celáho organismu. Dalšími barvivy jsou karotenoidy (barviva rozpustná v tucích) získané převážně s potravou, nebo porfyriny, které se sice ukládají již do rostoucích per, ale na slunečním světle blednou. Lesk ptačích per způsobuje interference světla, odrážejícího se od jejich jemných struktur.

Pravidelná obměna opeření – pelichání – je určena geneticky a doba je v ročním cyklu neměnná. Produkce hormonů pro výměnu per, řízená hypofýzou, je řízena množstvím světla v určitém ročním cyklu. Nejdůležitějším hormonem je tyroxin, který produkuje štítná žláza.

Předpokladem správné funkce opeření je jeho čistota. Ptáci k očištění používají koupání, popelení, sušení na slunci, protahování, nebo úpravu per zobákem či škrábáním dolními končetinami.